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23 records were found.

Las tecnologías moleculares se usan con frecuencia en la práctica clínica para la identificación de microorganismos y detección de la presencia de factores virulentos, resistencia a antibióticos e interacciones huésped-paciente (Bravo et al., 2009). Por ejemplo, se han desarrollado numerosos ensayos sobre ácidos nucleicos (Mothershed et al., 2006) utilizando hibridación o técnicas de extensión de ADN que incluyen un amplio rango de tecnologías como métodos de PCR (Ratcliff et al., 2007), secuenciación de genes y genomas completos (Woo et al., 2008; Enright et al., 1999), Luminex (Pabbaraju et al., 2008) y análisis de mircoarrays (Miller et al., 2009) Existen un gran número de tecnologías que utilizan cadenas relativamente cortas de bases conocidas como primers y probes. Los primers - término inglés cuya traducción es cebador o disparad...
En los últimos años se ha producido un aumento en el número de recursos bioinformáticos de carácter público accesibles a través de Internet. Éstos proporcionan diversas herramientas y bases de datos a la comunidad científica, facilitando así las diferentes tareas que surgen durante la investigación biomédica. Como ejemplo, estas tareas incluyen búsquedas en bases de datos, alineamiento y búsqueda de secuencias genéticas, anotación y visualización de proteínas, etc. La evolución en la representación de datos biológicos y en la implementación de herramientas para el análisis y almacenamiento de los mismos ha dado como resultado la proliferación de numerosos estándares de representación e interfaces de análisis y procesamiento. La complejidad a la hora de recuperar la información proporcionada por estos datos y navegar por distintas redes...
El crecimiento de Internet y la proliferación de información multidominio de forma pública ha propiciado la aparición de nuevas oportunidades en entornos muy dispares, principalmente en el ámbito de la investigación. Además, desde que se planteara el concepto de Web Semántica se han venido desarrollando un nutrido conjunto de herramientas y estándares ideados para facilitar la interoperabilidad en la World Wide Web. Este factor adicional posibilita el acceso a datos compartidos y su integración de forma mucho más abierta y comprensible, siendo la tendencia esperada la de acercarse poco a poco a la completa homogeneización de los contenidos disponibles en Internet. En este trabajo de tesis doctoral se presenta un método en cinco fases para la mediación semántica y sintáctica en sistemas de bases de datos integradas. Los lenguajes y está...
Los avances logrados en la última década en los métodos y técnicas para la obtención de información mediante secuenciación genética de muestras orgánicas han supuesto una revolución en el área de la investigación biomédica. La disponibilidad de nuevas fuentes de datos abre vías novedosas de trabajo para investigadores que ya están dando sus frutos con técnicas mejoradas de diagnóstico y nuevos tratamientos para enfermedades como el cáncer. El cambio ha sido tan drástico que, por contra, los métodos empleados para acceder a la información han quedado obsoletos. Para remediar esta situación se ha realizado un gran esfuerzo en el campo de la informática biomédica con el objetivo de desarrollar herramientas adecuadas para este reto tecnológico. Así, la “revolución” genética ha ido acompañada de un importante esfuerzo en el desarrollo de si...
Durante los últimos años, el imparable crecimiento de fuentes de datos biomédicas, propiciado por el desarrollo de técnicas de generación de datos masivos (principalmente en el campo de la genómica) y la expansión de tecnologías para la comunicación y compartición de información ha propiciado que la investigación biomédica haya pasado a basarse de forma casi exclusiva en el análisis distribuido de información y en la búsqueda de relaciones entre diferentes fuentes de datos. Esto resulta una tarea compleja debido a la heterogeneidad entre las fuentes de datos empleadas (ya sea por el uso de diferentes formatos, tecnologías, o modelizaciones de dominios). Existen trabajos que tienen como objetivo la homogeneización de estas con el fin de conseguir que la información se muestre de forma integrada, como si fuera una única base de datos. Si...
La rápida evolución experimentada en los últimos años por las tecnologías de Internet ha estimulado la proliferación de recursos software en varias disciplinas científicas, especialmente en bioinformática. En la mayoría de los casos, la tendencia actual es publicar dichos recursos como servicios accesibles libremente a través de Internet, utilizando tecnologías y patrones de diseño definidos para la implementación de Arquitecturas Orientadas a Servicios (SOA). La combinación simultánea de múltiples servicios dentro de un mismo flujo de trabajo abre la posibilidad de crear aplicaciones potencialmente más útiles y complejas. La integración de dichos servicios plantea grandes desafíos, tanto desde un punto de vista teórico como práctico, como por ejemplo, la localización y acceso a los recursos disponibles o la coordinación entre ellos. ...
La llamada “sociedad de la información” y el rápido crecimiento de la Web han favorecido la aparición de numerosas fuentes “on-line” que contienen grandes cantidades de datos e información. Es por ello que se hace necesaria la creación de nuevos métodos y herramientas para facilitar el acceso integrado a todos estos recursos a través de Internet. En esta tesis doctoral se presentan una serie de métodos y herramientas cuyo propósito es llevar a cabo la integración de fuentes estructuradas (normalmente bases de datos relacionales) con fuentes no estructuradas (como colecciones de documentos de texto “plano”). Para ello, se parte del trabajo previo realizado por el autor de esta tesis en el desarrollo de OntoFusion, un sistema que permite llevar a cabo la integración de fuentes estructuradas siguiendo un enfoque basado en repositorios vir...
We present a novel method to create complex search services over public online biomedical databases using hierarchical task network planning techniques. In the proposed approach, user queries are regarded as planning tasks (goals), while basic query services provided by the databases correspond to planning operators (POs). Each individual source is then mapped to a set of POs that can be used to process primitive (simple) queries. Advanced search services can be created by defining decomposition methods (DMs). The latter can be regarded as “recipes” that describe how to decompose non-primitive (complex) queries into sets of simpler sub queries following a divide-and conquer strategy. Query processing proceeds by recursively decomposing non primitive queries into smaller queries; until primitive queries are reached that can be processed...
Biomedical researchers and clinicians working with molecular technologies in routine clinical practice often need to review the available literature to gather information regarding specific sequences of nucleic acids. This includes, for instance, finding articles related to a concrete DNA sequence, or identifying empirically-validated primer/probe sequences to evaluate the presence of different micro-organisms. Unfortunately, these hard and time-consuming tasks often need to be manually performed by researchers themselves since no publicly available biomedical literature search engine, e.g. PubMed, PubMed Central (PMC), etc., provides the required search functionalities. In this article, we describe PubDNA Finder, a web service that enables users to perform advanced searches on PubMed Central-indexed full text articles with sequences ...
Having all been involved in proposal evaluation, we believe the studies indicate that a text matching analysis of research proposals could reduce plagiarism in subsequent publications. For instance, when European Commission evaluators have met in the past to evaluate research proposals, they received printed copies which had to be returned before the panel members left, and had no computer access during deliberations. A plagiarism detector using text-mining methods could be used instead of the current security measures. Such a system could, in principle, detect similarities to previous submissions and uncited sources using advanced document segmentation. Only official agencies have access to confidential proposals and the funds to experiment with automated plagiarism-detectors. It is important that they should investigate these approac...
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